花椒原产于中国，很早的时候，人们就开始采摘野生花椒，《尔雅》称花椒为大椒、檓，《神农本草经》根据产地不同，称陕西、陇南一带的为秦椒，四川一带的为蜀椒。《名医别录》又有巴椒、蓎藙的别称。这种芸香科植物，矮者有1米，为灌木，高者可达5米，若乔木，枝有短刺，叶坚实带细齿。五月开花，九月结果，果实大如赤豆，若野葡萄攒聚，果皮紫红色而皱，熟则开裂，开裂后的果壳即可作药用。《神农本草经》认为花椒温热有毒，而历代医家都强调，花椒不开裂者有大毒。
或许是对花椒毒性有所认识，最早的时候，中国人并未把花椒放入饮食之中，而是作为香料使用。西汉张骞通西域之前，中原的香料非常贫乏，花椒无论花、叶、果实，都富有香气，又耐久放，成为贵族争相收藏之物。一般只有重要场合才会使用，比如说祭祀，《诗经·周颂·载芟》云“有椒其馨，胡考之宁”，这是以花椒的馨香来奠享祖先。有时候也作为珍贵的礼品，送给重要的人，《诗经·陈风·东门之枌》末一句“视尔如荍，贻我握椒”，青年男女私下幽会，互诉衷肠，互赠礼物，“我看你的面容如荆葵花一样动人，你默然无言，送给我一把花椒。”那时候赠送花椒如同今天赠送玫瑰或者香水百合。
花椒果实盛多攒聚，颜色赤红，一眼望去，热闹而丰饶。《诗经·唐风·椒聊》有“椒聊之实，藩衍盈升”，就是以花椒繁盛多实起兴，赞美对方子孙众多。楚国的屈原，清高自持，好以幽兰芳草比拟君子，流放湘南之时，也多借花椒吟咏情怀，如“惟佳人之独怀兮，折若椒以自处。”（《九章·悲回风》）。“荪壁兮紫坛，播芳椒兮成堂。”（《九歌·湘夫人》），播芳椒兮成堂，是以椒和泥作墙，使满堂芳香。汉代承其风俗，皇后的屋子也以椒涂墙，取其温暖燥湿，气味馨香，更有祝愿子孙昌盛之意。终汉一世，皇后亦称椒房，长乐宫有椒房殿。
大约是汉代，人们对花椒的药用价值越来越清晰，其毒性也开始被人利用。《资治通鉴》卷五十七记载，东汉灵帝熹平元年（西元172年），窦太后崩，按礼太后当与桓帝合葬。当时宦官曹节弄权，太后之父窦武曾经谋诛宦官事败被杀，太后也受牵连幽居别馆，曹节等人愁视窦家，自是不准太后合葬。当时灵帝为难，只能下诏公卿大会朝堂。当时的太尉李咸已经七十多岁，卧病在家，竟“扶舆而起，捣椒自隨，谓妻子曰：若皇太后不得配食桓帝，吾不生还矣！”可见当时已经将花椒作为致命毒药。
北魏孝文帝元宏赐死长子元恂，也是用花椒，《资治通鉴》卷一百四十一载元宏派特使“奉诏赍椒酒诣河阳，赐恂死。”齐州刺史高遵为政贪酷，也被孝文帝赐死，诏令既下，高遵乃“引椒而死”。北周吞并北齐之后，周武帝宇文邕毒杀齐之宗室也用花椒。南朝齐明帝萧鸾即位后，忌惮高帝、武帝子孙，欲构罪杀害，“令太医煮椒，椒熟则一时赐死”。从当时的记载来看，以椒毙命，是一种比较体面有效的死法，只在贵族间流行，民间并不知晓。
花椒中毒是什么情形？史书中并未提及。《神农本草经》中蜀椒为下品毒药，紧跟在巴豆后面，但具体有何毒性并无交代。晋代的《肘后备急方》云“蜀椒闭口者有毒，戟人咽，气便欲绝，又令人吐白沫”，说明能致命的主要是闭口椒，会让人喉咙肿胀，呼吸阻塞，气闭而死。历代医家也多如此记载。民国中医大家张锡纯在论述细辛这味药时说：“凡味辛兼能麻口之药，若花椒、天雄、生半夏，大抵皆有此弊，不但细辛也。盖能麻口者，即能麻肺，肺麻则其呼吸即停矣。尝因胃中受凉，嚼服花椒三十粒，下咽后即觉气不上达，移时呼吸始复常。”可见开口椒亦有毒，只是毒性不如闭口椒大而已。前人医书在蜀椒后亦附解毒之法，以豆豉煎汁饮之，或饮以地浆水、冷水，皆可解之。
将花椒加入饮食起于何时呢？先秦时期，中原典籍未有以花椒进行烹饪的记载。然而南方楚人比较大胆，以身犯险，率先破禁，作椒酒、椒浆，《楚辞·九歌·东皇太一》有“蕙肴蒸兮兰藉，奠桂酒兮椒浆”。椒酒、椒浆除了祭祀供奉祖先神明，也只有贵族饮用，当时也未见有中毒的例子。汉代崇尚楚文化，椒酒在全国颇为流行，逢年节必饮之，据说可以避疫延寿，汉代《四民月令》记载：“正月之朔……子妇曾孙，各上椒酒于家长，称觞举寿，欣欣如也。”关于椒酒的制作，有人认为是将花椒加入酒中长久浸泡而成，有人认为是将饮时，倒酒杯中，以盘盛花椒，趁酒温撮三四粒置杯中，香气起，即饮之。
大约在魏晋时期，人们开始将花椒用作调味料。西晋陆机《毛诗草木鸟兽虫鱼疏》：“成皋诸山间有椒，谓之竹叶椒，其树亦如蜀椒，少毒热，不中合药也，可著饮食中，又用蒸鸡豚最佳香。”陆机记载当时人还将花椒叶加入茶中：“蜀人作茶，吴人作茗，皆合煮其叶以为香。”
北朝贾思勰的《齐民要术》“腊脯”、“羹镬法”、“蒸鱼法”等篇以姜椒等物作为调味料，加入饮食之中。那时候的人们认为，加入花椒的食物是上等的美味，一般只有贵族才如此享用。到了唐代，花椒在饮食上的运用逐渐广泛，到了宋元时期更是大量使用。特别是元代，北方少数民族喜欢吃牛羊肉，往往加香料去除膻腥，而花椒不但去腥还能提升肉的香味，成了肉类食物必备调料，开始在全国流行。
大概是经历了上千年的不断尝试，中国人对花椒的毒性已经免疫了，清朝晚期，四川人在菜肴中大量放入花椒，食之竟也无恙，不但无恙，还带来一种极为特殊的口感，这就是麻，麻味成为川菜最主要的特色。四川盆地常年难见阳光，潮湿阴沉，花椒不但祛寒除湿，麻麻的感觉还能带来欢快的心情，人们吃了正可以适应那样的环境吧。即使这种麻是舌头轻微中毒的现象。
