花椒具有食用价值：（1）花椒果皮（椒红）：“八大调味品”之一，提供食品的麻味和花椒风味；具有除腥去膻的作用。（2）花椒籽（椒目）：提取毛油，用于化工，经精炼制成高级保健食用油（含90%不饱和脂肪酸，α -亚麻酸占30%）；籽粕富含蛋白和微量元素，可作饲料、有机肥等；提取生物活性物质。（3）花椒叶：可作凉拌菜、酱腌菜等食用蔬菜；制成花椒叶茶销售；可提取芳香油，作为调配食用香精的原料。
同时花椒具有较高的药用价值：（1）花椒果皮：味辛，性热，入脾、胃、肾经。据本经：主治邪气咳逆，温中，逐骨节皮肤死肌，寒湿痹通，下气；据本草纲目：散寒除湿，解郁结，消宿食、通三焦，温脾胃，补右肾命门，杀蛔虫、止泄泻。久服轻身好颜色、耐劳增气通神，治恶风遍身，女人月经不通、产后恶血痢，疗腹中冷痛、生毛发，灭瘢、坚齿发，明目；现代医学研究表明：花椒果皮水提物具有降血压作用，仅比常用药物罂粟碱低；花椒果皮水提物对痢疾杆菌等革兰氏阴性肠道致病菌和金黄色葡萄球菌等革兰氏阳性嗜氧菌有明显抑制作用；花椒油素能显著抑制血小板粘附和丙三醇（MDA）的产生；花椒果皮的醇提物具有抗癌活性；花椒果皮挥发油具有麻醉止痛作用，对白喉杆菌、炭疽杆菌、肺炎双球菌、金黄色葡萄球菌、伤寒杆菌、绿脓杆菌和某些皮肤真菌具有抑制作用；还具有杀灭猪蛔虫的作用。（2）花椒籽：苦、寒、无毒，主治水腹胀满、利小便、治肾虚、耳卒鸣聋，膀胱症、止气喘。（3）花椒叶：辛、热、无毒，主治奔豚、伏梁气、内外肾钩、霍乱以及驱虫、治脚气、漆疮等；民间用椒叶煎水洗浴，治脚气和瘙痒。（3）花椒根：辛、热、微毒，主治肾与膀胱虚冷，血淋色瘀者，煎汤细饮。
另外花椒还具有其它应用价值：（1）防虫害：花椒挥发油对玉米象、拟谷盗等仓储害虫及储粮曲霉、青霉有防治效果；（2）抗氧化：加入猪油等动植物油脂中可防油脂败坏；（3）抑菌作用：如前所述，可对霉菌、细菌、酵母菌等有较强的抑制作用；（4）醒脑提神：花椒中特有的呈香物质具有刺激大脑神经产生兴奋作用；（5）日用化工原料：生产油漆、香皂、肥皂、沐浴露等的原料。
