在对花椒树进行整形修剪时，主要将其修剪成自然开心形或者修剪成丛状形。花椒树的修剪可分为冬剪和夏剪两个不同时期。
冬剪
进行冬剪时，花椒树生长的徒长枝、过密枝、重叠枝或者受病虫害侵害的枝条，都应做剪除处理。
在对幼树进行整形修剪时，必须兼顾整形和结果并重的基本原则。
对于刚开始结果的花椒树应该以疏为主，特别是那些大中小各类结果枝组。
对于正处于茂盛生长期的果树而言，应该采用疏和修剪并用的办法，这样能够使树枝生长的更加均衡，同时还要对主侧枝以及其他枝组等长势加以调节，如果遇到大枝过多、树形紊乱的情形，可以对部分大枝进行疏除处理。对于新抽营养枝，可以先将木质部分剪去，对于徒长枝，如果内膛有空间，就可以培养成枝组，否则就对其进行疏除处理。同时还要密切注意结果枝组的回缩复壮，从而使花椒树的盛果期得到延长。
对于生长比较健壮的树，只能进行简单修剪，对于长势不是很好，但结果数比较多的枝条，应当做重点修剪。
在对衰老树进行修剪时，应当充分考虑如何有效改善树木的光照条件。具体做法是对回缩的主侧枝促进其更新复壮，并对背上旺枝加以合理控制，同时对于隐芽萌发出的中外围长枝，可将其作为主侧枝的更新枝，还要对内膛的徒长枝作短截处理，使之长成结果枝组，还要及时将膛内细弱枝进行疏除，这样能够使花椒衰老期到来得晚一点。
夏剪
对于夏剪而言，其实是在冬剪的前提之下，既要做好整形工作，还要注意不影响花椒结果。
在花椒生长季节，可以将树干基部30~50cm的枝条进行疏除，留下主枝和侧枝，还要通过各种方法对主枝角度进行调节，大约60~70°。
如果遇到主侧枝生长过旺的情况，可以进行全面摘心处理，以促进分枝生长。对于细弱主枝的延长头，可以将枝头角度进行适当抬高，以促进花椒生长。
在6月初，应对背上弱枝进行摘心处理，对于强枝过多的情况，就要进行摘除，以促进枝组生长。在8月上旬之前，需要再次对新梢进行摘心处理，对于主干基部萌发的徒长枝、内膛枝以及重叠枝和病虫枝，应当做疏除处理。
另外，还要对主枝和托枝开张角度进行控制以抑制其生长，如果遇到主枝方位角不合理的情况，则需要对可拉枝进行调整从而使得主枝分布更加均匀，将其向外进行拉伸，这样能够对空间和光照进行充分利用。
