花椒树修剪时间以秋季落叶后为最佳，修剪时一定要根据不同的树龄、树势采取不同的修剪方法。老弱树在春季修剪，强壮树在冬季修剪。
1、老树和弱树修剪，以更新复壮为主，老龄树修剪首先清除病虫枝、枯干枝，然后修剪背上枝、交叉枝、重叠枝，最后对树冠周围每一枝条顶端进行回缩。充分利用徒长枝，补充残缺树冠，保持结果面积。
2、盛果树修剪以维持树势健壮，调节花量为主。枝条密挤时以疏为主，疏上缓下，疏除影响光照的多余枝条，营造良好的通风透光条件。对过密、过细、过弱、交叉、病虫枝及时疏除，使冠内枝组健壮、均衡、通风透光。注意留枝均匀，后部不要光秃。
3、幼树和初果树修剪以培养树形为主，目前推广树形为自然开心型和多主枝丛状型，初挂果的幼龄树整形和结果并重，修剪量宜轻，一般不短截，只进行撑、拉等。留好骨干枝，剪去多余枝，基部萌发枝条留好主枝3～5个，其余从基部剪去。
